Shaughnessy, cependant, a modernisé la formation T obsolète pour la rendre à nouveau pertinente dans le sport, en particulier pour les postes de quart-arrière et de receveur. Il a atteint le sommet du succès en 1940, lors de sa première saison à Stanford, où il a mené les Indians à une saison invaincue qui s'est terminée par une victoire au Rose Bowl.